Pada tahun 2019, tepatnya tanggal 15 Maret proses belajar mengajar (PBM) Sekolah Adat Negeri Papua di mulai. Akan tetapi pada tanggal 16 Maret besoknya, Kabupaten Jayapura di landa hujan deras yang menyebabkan banjir dari beberapa sungai (kali) yang bermuara ke Danau Sentani. Hal ini menyebabkan debit air di Danau Sentani menjadi naik dan bangunan Sekolah Adat Negeri Papua yang letaknya dipinggiran Danau Sentani, ikut terdampak dan tenggelam.
